也先在进攻北京的过程中，到处遭到军民的抵抗和不断袭击。各地的百姓自动组织起来，抗击瓦剌军的掠夺。北方边陲重镇的守兵，也抱着与城共存亡的决心，誓死保卫国土。也先进攻北京各门屡次遭到失败，中路军在居庸关的进攻也受挫，并获悉明朝各援军即将到达。唯恐后路被切断，便于十五日夜率一部人马，挟持朱祁镇由良乡(今北京市房山)向紫荆关撤退。
于谦发现也先军队正在撤退，即命令石亨等集中火炮轰击也先军营，炸死瓦剌军一万余人。瓦剌军在撤退的路上，一路烧杀抢掠，掠夺了许多物资和人口。而明军分路追击；石亨大破瓦剌军于清风店(今河北易县西)，范广在固安打败瓦剌军。也先一路狂逃，十月十七日，撤出紫荆关，不久退往关外。东路的脱脱不花军，闻得中路、西路已败，亦立即撤退，并于十月二十日单独遣使进贡，来北京议和。至此，明军取得了保卫北京的胜利。
也先率军退至塞外，数次南下，都因明军防范严密而未得逞。鉴于政治诱降落空，军事进攻又遭失败。在长期的战争中，损失了大量的人力和物力，又失去了与明朝经商的机会。万般无奈之下，于景泰元年(1450年)八月，无条件地释放了明英宗朱祁镇。其后，在蒙古族内部的相王争斗中，也先的势力一落千丈，日渐衰竭。