无论南北双方内部对和议仍有诸多不同意见，南北和谈总在紧锣密鼓地筹备之中。1918年12月11日，北京政府派出参加和谈的10位代表，其中包括皖系、直系、奉系、安福系、旧交通系和研究系的代表，参议院副议长朱启钤代表徐世昌为和谈总代表。12月17日，广州军政府派总裁唐绍仪为和谈总代表，1919年1月9日派出10位和谈代表，包括军政府总裁孙中山、岑春煊、唐继尧、陆荣廷和广西、四川、贵州、湖南、陕西、福建（包括海军）的代表。
在南北和谈正式开始前，双方曾在一系列问题上有所争执。关于和谈地点与名称，因其基本上是技术性问题，故南北方的争执不难解决。北方提议和谈在南京举行，名为“善后”会议；但南方认为南京处在北洋势力范围里，易受武力威胁，且“善后”之会议名有对待“土匪”的意思，故提议和谈在上海举行，以营造中立气氛，并以“和平会议”名之。因为南方的坚持，北方最后作了让步。但在关于陕西和福建停战的问题上，因为关系到南北方的实际利益，双方有激烈的争执。
