根据要求，2016年11月7日之后设立的民办学校应到相关部门分类登记。《民办教育促进法》修改前设立的民办学校选择登记为非营利性民办学校的，依照修改后的学校章程继续办学，履行新的登记手续。选择登记为营利性民办学校的，应当进行财务清算，依法明确财产权属，缴纳相关税费，办理新的办学许可证，重新登记后继续办学。相应具体办法由各省、自治区、直辖市人民政府制定。而鉴于分类管理问题的复杂性，在具体实施方式上采取的是“一省一规，一校一策”的指导思想。[18]
分类管理首先面临的就是如何在过渡期内稳妥推进现有民办学校的分类登记。《国务院关于鼓励社会力量兴办教育促进民办教育健康发展的若干意见》指出：“举办者自主选择举办非营利性民办学校或者营利性民办学校，依法依规办理登记。对现有民办学校按照举办者自愿的原则，通过政策引导，实现分类管理。”对于办学者而言，选择非营利性，可以获得更多的财政扶持和更优惠的税收政策，但是可能会失去获得合理回报的机会，失去很多融资机会，而且国家的财务监管将大大加强，再通过关联交易等方式获得合理回报的法律成本将大大增加；选择营利性，所享受的优惠政策则要少些，但是可以进行更灵活的资金运作，获得更多的融资机会。这是一种艰难的抉择，在短时间内做出选择确实有困难。[19]因此，在《民办教育促进法》修正案（草案）二审稿中，民办学校选择“营利”或“非营利”存在三年过渡期，即“对在三年内作出调整的，经出资人申请，可以从学校财务清算后的结余或者剩余财产中对出资人给予一次性合理补偿”，具体规定由地方制定。但修正案最终删除了上述规定，并对不同选择分别做出规定。这是因为各地民办教育发展差异太大，立法者担心设定统一的过渡期，会对民办学校造成政策性恐慌，所以最终决定将过渡期的设置权交予地方政府。