若大臣行奸，不令王见天子，私下傅致其罪而遇不幸者，到此之时，天子必是昏君。其长史司并护卫移文五军都督府索取奸臣，都督府捕奸臣奏斩之，族灭其家。(110)
甚至得举兵入清君侧：
如朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命。天子密诏诸王统领镇兵讨平之。(111)
又怕后人变更他的法度，把一切天子亲王大臣所应做和不应做的事都定为祖训，叫后人永远遵守。洪武二十八年（1395）九月正式颁布《皇明祖训条章》于中外，并下令后世有言更祖制者以奸臣论。(112)由此诸王各拥重兵，凭据险阨，并得干涉国事，在军事上和政治上都握大权，渐渐地酿成了外重内轻之势。
分封过制之害，在洪武九年（1376）叶伯巨即已上书言之。他说：
先王之制，大都不过三国之一，上下等差，各有定分，所以强干弱枝，遏乱源而崇治本耳。今裂土分封，使诸王各有分地，盖惩宋、元孤立，宗室不竞之弊。而秦、晋、燕、齐、梁、楚、吴、蜀诸国，无不连邑数十，城郭宫室亚于天子之都，优之以甲兵卫士之盛。臣恐数世之后，尾大不掉，然后削其地而夺之权，则必生觖望，甚者缘间而起，防之无及矣……愿及诸王未之国之先，节其都邑之制，减其卫兵，限其疆理，亦以待封诸王之子孙。此制一定，然后诸王有贤且才者入为辅相；其余世为藩屏，与国同休。割一时之恩，制万世之利，消天变而安社稷，莫先于此。(113)