2.制度剩余与制度匮乏的矛盾
制度剩余与制度匮乏同时并存，是国内大学自主性制度环境的又一矛盾。一方面，关于大学自主性的政策规定大量重复、交叉和烦琐。例如，对大学的管理，不仅有国家的法律法规的规定，还有主管部门的实施细则，而且还有其他部委（如文化部、宣传部）联合颁布的管理规定，或者由各部委单独制定的管理规定。一些地方省级政府也纷纷制定本地管理大学的一些实施办法和意见。不仅业务主管部门制定了众多的法规、条例和规章，而且各级党委和政府也根据情况的需要不时发布一些重要的规范性文件和政策措施。类似的规章制度过多，造成了对大学管理过程中的“制度剩余”。
制度剩余集中体现为教育主管部门与行业主管部门对同一大学组织的管理职能重叠。无论是管理职能的重复，或是制度重复，都会带来制度资源和管理成本的极大浪费。而且事实上，“制度剩余”也未必增强政府对大学组织的领导能力。相反，往往会削弱其管理能力。制度设计的初衷是对大学实行有效的管理，提高管理效率，但实践证明，制度和监管的交叉重复易于导致相互推卸责任，出现监管漏洞或监管不力。
