水师的失败决定了暴动的结局。波斯人从海陆两路封锁米利都。公元前494年，米利都最终被攻陷。该城的成年男性大部分被杀，残余居民被押往苏撒。领土被瓜分：波斯人占据了城市，山区的土地被卡利亚人占据。其他城邦或者在此之前或者在此之后也陆续被波斯人征服，伊奥尼亚人的暴动至此失败。
然而，对于波斯和希腊的关系来说，暴动产生了重要后果。战后波斯总督详细测量了亚洲希腊人各邦的领土，禁止它们此后再相互发动任何战争。爱琴海中的部分希腊人城市也被波斯人征服。雅典和埃利特里亚对亚洲希腊人的援助，让国王大流士意识到，希腊本土的那些城市应当遭到制裁，否则波斯对亚洲希腊人的统治不会稳固。据说大流士在得知雅典人的有关情况后，“他便要人们把弓给他拿来，他放一支箭在弓上并把它射到天上去……祈求说：‘哦，宙斯，容许我向雅典人复仇吧。’自是而后，每到他用饭的时候，他都要他的一个仆人在他的面前说三次：‘主公，不要忘掉雅典人啊。’”[1]仆人的提醒看来确实起了作用，因为攻陷米利都两年后，大流士就发动了对希腊的第一次入侵。
